Существует ли система штрафов в МЕРЛИОН? Какие бывают?

Есть, в виде депремирования. Премия - треть общего дохода, обычно штрафы меньше премии. Штрафы за разглашение коммерческой информации, даже случайное (например, отправка файла на личную почту или переписка в телеграм с клиентом), руководителю может прилететь штраф за подчинённого.